Les années 90 étant plus que réussites, le club met tous les ingrédients afin de continuer sur sa lancée au cours de ce deuxième millénaire. En 2000 le FCBJ devient club partenaire du RC Lens avant de devenir en 2010 club partenaire de l’Olympique Lyonnais (ce qui est toujours le cas aujourd’hui après plus de 10 ans).
2013 marquera un tournant dans l’histoire du club puisque suite à une saison dantesque, le club monte pour la première fois de son histoire en CFA 2 et couronne cette belle saison avec une victoire en coupe Rhônes-Alpes. EN 2015 suite à la structuration de son pôle formation, le club se voit remettre le label Ecole de foot par la FFF venant récompenser tout le travail mis en place les années d’avant.