En 1996, l’AS Monaco, qui est à la recherche d’un club de la région Rhône-Alpes, signe un contrat de partenariat avec le FCBJ. La même année, l’équipe première affronte Martigues en Coupe de France, équipe alors en D2 à l’époque.
L’année suivante, en 1997, Didier CHRISTOPHE, ancien international français, devient directeur technique du club.
En 1998, l’équipe première accède à la division honneur à la suite d’un duel haletant avec Saint Chamond.
Un an plus tard, 3 équipes obtiennent la montée : les séniors 2, les moins de 15 ans B et les moins de 13 ans B. De plus le FCBJ réalise un triplé historique en remportant la coupe d’Isère dans les catégories séniors 2, séniors 3 et moins de 17 ans.